福建生物工程职业技术学院建有药学系、食品与生物工程系、康复保健系、经营管理系等4个系，开设有药品质量与安全、药品经营与管理、健康管理、老年服务与管理、老年保健与管理、社区康复、食品药品监督管理、化妆品经营与管理、康复治疗技术、中医康复技术、中医养生保健、医疗器械维护与管理、食品生物技术、药品生物技术、食品质量与安全、食品营养与检测、生物产品检验检疫技术、药品生产技术、食品生物技术、保健品开发与管理、药品质量与安全、药学、中药学等23个急需紧缺专业，其中现有2个国家重点建设专业、1个国家级教学改革试点专业、2个省级示范专业，1个省级专业群，3个省级二元制试点专业，2个省级现代学徒制试点专业。各类在校生5000多人。
2019年福建生物工程职业技术学院高职入学招生计划
