安徽中医药高等专科学校前身是始建于1960年的“芜湖市中医学校”；2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”。为整合卫生教育资源，壮大学校实力，2006年，市政府将芜湖市中医医院成建制划归学校作为直属附属医院；2012年，附属市牙病防治所成功创建附属口腔医院（芜湖市口腔医院）。经过50多年的建设与发展，学校已经成为具有鲜明中医药特色的地方性高等院校。2010年，学校在高职高专院校人才培养工作评估中获得“优秀”等次，成功创建了“安徽省示范性高等职业院校”。
学校现为教育部中医药职业教育教学指导委员会副主任委员单位、全国中医药职业技术教育学会常务副理事长单位、全国中医药高职高专教育教材建设指导委员会主任委员单位、安徽省中医药学会中医养生保健专业委员会理事长单位、安徽省药学会中药材种植（养殖）专业委员会理事长单位。
学校占地面积997亩，总建筑面积29.7万平方米，设有医疗系、药学系、康复保健系、护理系、口腔医学系、基础教学部和思想政治理论课教学研究部等7个教学系部，开设中医学、中医骨伤、针灸推拿、中药、中药制药技术、药学、药品质量检测技术、护理、医疗美容技术等27 个专业，面向全国21个省、市、自治区招生，全日制专科在校生9317人。 学校现有专任教师550人，其中，副高以上专业技术人员183人，具有研究生学历人员173人，国家级名老中医3人，全国优秀教师1人。学校还聘任国医大师李济仁、长江学者叶文才等6名专家教授为、客座教授。
学校下辖3所直属附属医院、1所附属药厂、1个安徽中药资源研究所、1个中药材种植基地、1个天然药用植物园和9所非直属附属医院、23所教学医院以及134家校外实习基地。学校附属中医医院（芜湖市中医医院）创立于1958年，在中医界素有“江南中医一枝花”的美誉，为“全国首批示范中医院”、“国家三级甲等综合性中医医院”，医院拥有4个国家级重点中医专科专病、6个省级重点中医专科专病、5个市级重点中医专科。
学校现有中央财政支持实训基地1个，中央财政支持提升专业服务产业发展能力项目2个；省级教学团队4个，省级教改示范专业1个，省级特色专业6个，省级精品课程10门，省级卓越型人才技能计划1项，省级人才培养模式创新实验区1个，省级高职高专专业综合改革试点项目1个，省级示范实验实训中心5个，省级示范实习实训中心1个，省级校企合作实践教育基地1个，省级教学名师4人、教坛新秀6人。近年来，学校共承担了各类科学研究项目236项，其中市厅级以上科研项目87项，获得5项国家授权专利；公开发表学术论文655篇，其中核心期刊类论文191篇，14篇被SCI期刊收录；承担各级各类教学研究项目81项，其中省级以上39项；获各级获得各级各类教学成果奖45项，其中省级12项；近五年，学校教师主编教材58部，其中2部教材入选教育部普通高等教育精品教材。2013年，学校共有15名主编、23名副主编参与第三轮国家卫计委高职高专医药卫生规划教材编写、修订。学校主办的《现代中药研究与实践》为中国科技核心期刊，是国内研究中药材生产和质量管理领域最有影响的学术期刊之一。
学校的办学成绩获得上级党委、政府充分肯定和社会各界广泛赞誉。2006年，安徽省委组织部、宣传部和省委教育工委授予学校“先进基层党组织”光荣称号；2008-2010年，安徽省高等学校毕业生就业工作委员会连续三年授予学校“安徽省高校毕业生就业先进集体”称号；2009年，安徽省就业工作领导小组授予学校“全省就业工作先进单位”称号；2010年，安徽省教育厅、财政厅确定学校为“省级示范性高职院校”建设单位；2011年，安徽省教育厅授予学校“安徽省创新创业教育示范校”称号，安徽省人力资源和社会保障厅授予学校大学生创业孵化基地“首届安徽省AA级创业孵化基地”称号；同年，学校荣获“全省高等教育学籍学历管理工作先进集体”，“第一届全国中医药职业教育技能大赛高职组团体一等奖”；2012年，荣获“全国科普教育基地”、“安徽省中医药文化宣传教育基地”、“芜湖市创业富民孵化基地”、“芜湖市高技能人才培养工作先进单位”、“芜湖市职业技能鉴定先进单位”；2013年，荣获“安徽省高职高专思想政治教育研究工作先进单位”、“全省大中专学生志愿者暑期‘三下乡’社会实践活动优秀团队”；2014年，荣获“首届全国中医药科技推广工作先进集体”、“全国中医药职业教育技能大赛高职组团体二等奖”；此外，学校2011、2012年蝉联“安徽省高校毕业生就业工作标兵单位”，2011、2013年蝉联“芜湖市文明单位”。
建校50余年来，特别是升格近15年来，学校秉承“厚德、博学、济世、日新”的校训，坚持“以人为本、尚德重技，创新服务，特色发展”的办学理念，在中医药专业建设、应用型人才培养、中医药对外交流、中医药产业研发以及服务地方经济和社会发展等方面，形成了独特的优势，为国家培养了4万余名中医药应用型人才。当前，学校正进一步解放思想，同心同德，抢抓机遇，科学发展，努力提高人才培养质量和提升办学层次。