安庆医药高等专科学校前身是安徽省安庆卫生学校，办学历史可以追溯到1943年诞生于抗日烽火中的“安徽省省立立煌高级助产护士职业学校”，是安徽省最早开办的公立医学教育学校，1945年开办药剂专业，开安徽省药学教育之先河。2007年3月，经国家教育部和安徽省人民政府批准，独立升格为安庆医药高等专科学校，填补了皖西南医药高等教育空白。2012年，顺利通过教育部“高等职业院校人才培养工作评估”。学校自2005年至今，已连续3届获得“全国文明单位”称号。
学校目前设有临床医学系、药学系、护理系、公共基础部等4个教学系部和9个党政管理部门及教辅机构，拥有1所直属附属医院（安庆市中医医院），2所非直属附属医院（安庆市第一人民医院、安庆市石化医院），海军安庆医院、淮北矿业集团总医院、宿州市立医院等5家教学医院，解放军301医院、302医院、复旦大学附属华山医院、中山大学附属黄浦医院、广东医学院附属医院、安徽医科大学第一附属医院、安庆市立医院、扬子江药业集团、江苏恒瑞药业集团等115家实习见习基地。
学校办学条件优良，服务设施完备。占地面积42万平方米（630亩），建筑面积14万平方米，教学设备总值3千余万元。学校师资力量符合教学需要，梯队结构较为合理。现有教职医护员工616人，其中专任教师242人。专任教师中，教授（主任医师）、副教授（副主任医师）等高级职称62人，具有硕士及以上学位的教师64人。现开设医药护三大类13个专科专业，全日制在校生近8000人。
学校以“质量工程建设”为抓手，教学质量不断提升。现有中央财政支持的提升专业服务产业发展能力的专业2个，中央财政支持的实训基地2个，国家“十一五”重点专科1个，省级特色专业3个，省级示范实训中心3个，省级教学团队1个，省高等教育振兴计划项目3项，省级精品资源共享课程2门，省级校企合作实践教育基地1个，省级综合改革试点专业1个，省中医药事业发展专项资金项目1个，市级科技成果奖1项。承担安徽省自然科学研究重大项目等教科研课题数十项，获得省级教学成果二等奖2项。先后有担任国家、卫生部规划教材主编 27 人，副主编 30 人。安徽省高职高专专业带头人5人，安徽省优秀教师2人，安徽省先进工作者1人，省级教学名师1人，省级教坛新秀2人，享受市政府特殊津贴2人。
学校目前是教育部对口支援西部教育成员单位、中国传统医学联合会副会长单位、全国卫生职业教育康复技术研究会副会长单位、全国卫生高等职业教育协会常务理事单位，安徽省药学专业技术人员继续教育基地，安庆市“红十字救护培训基地”。
办学71年来，特别是升专以来，学校坚持“科学定位，错位发展，特色办学，彰显优势”的办学理念，在医药专业建设、医药应用型人才培养等方面形成了一定的特色和优势，累计为国家培养了4万余名应用型医药卫生人才。