包头医学院成立于1958年，是新中国在少数民族地区较早建立的一所普通本科高等医学院校，建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2005年2月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头医学院冠名为内蒙古科技大学包头医学院。
学校坐落于内蒙古自治区包头市，现有东河、青山两个校区，占地面积70万余平方米，建筑面积30万余平方米。经过60多年建设和发展，已形成集全日制本科教育、研究生教育、继续教育为一体的办学格局，以医学为主，管理学、理学、法学、文学、教育学多学科协调发展的学科体系。1997年通过原国家教委本科教学工作合格评估，2008年在教育部本科教学工作水平评估中被评为“优秀”，2017年接受教育部本科教学工作审核评估,是自治区级文明单位和自治区级文明校园。
学校设有研究生院、基础医学与法医学院、公共卫生学院、护理学院、医学技术与麻醉学院、口腔医学院、药学院、中医学院、人文社会科学与外国语学院、马克思主义学院、运动康复学院（体育部）、计算机科学与技术学院、继续教育学院、职业技术学院和全科医学院等15个学院；设临床教学部，有10个临床医学院和1个精神卫生学院。学校有附属医院、教学医院和实习医院共计34所，其中2所为直属附属医院。有预防医学专业实践教学基地21个、药学专业实践教学基地7个、法医学专业实践教学基地10个，还有其他专业实践教学基地31个。
学校面向全国19个省、自治区招生。现有各级各类学生13000余名。学校累计为国家培养了6.5万余名毕业生，大批优秀校友成为医疗卫生事业中的著名专家、学者，为国家和内蒙古自治区经济发展、社会进步做出了重要贡献。
学校开设22个本科专业。有国家级“一流专业”建设点1个，自治区“一流专业”建设点5个。有自治区级品牌专业5个，自治区级重点建设专业2个。预防医学专业是国家级特色专业建设点、教育部本科专业综合改革试点。自1980年开始招收硕士研究生，1985年获批硕士学位授权资格。现有4个硕士学位授权一级学科授权，4个硕士专业学位授权一级学科，1个硕士学位授权二级学科。
学校有国家临床医学重点专科1个；自治区医疗卫生领先学科5个，自治区医疗卫生重点学科4个；内蒙古自治区高等学校教育系统重点学科4个，内蒙古自治区高等学校教育系统重点培育学科2个。学校建有内蒙古自治区级重点实验室4个，内蒙古自治区医疗卫生系统重点实验室2个，内蒙古自治区高等学校重点实验室2个，内蒙古自治区级实验教学示范中心5个，内蒙古自治区工程研究中心2个、内蒙古自治区工程技术研究中心5个。设有8个内蒙古自治区院士专家工作站和9个包头市院士专家工作站。设有内蒙古自治区基因诊断研究所、内蒙古自治区应用解剖研究所、内蒙古自治区消化病研究所、内蒙古自治区高血压病研究所、内蒙古自治区全科医学培训中心等研究培训机构。
学校近5年，承担国家级科研项目69项，获得全国医学研究生教育成果二等奖1项，自治区教学成果一等奖3项、二等奖6项、三等奖1项。获得内蒙古自治区科学技术进步奖、自然科学奖共计二等奖6项、三等奖10项。获得内蒙古自治区哲学社会科学优秀成果政府奖二等奖1项、三等奖2项。授权发明专利10项，实用新型专利78项。
学校现有专任教师715人，聘请校外教师数32人。具有研究生以上学历专任教师485人，占专任教师总数的67.8%；具有副高级以上职务的专任教师数483人，占专任教师总数的67.6%；具有正教授职称的专任教师77人。博士研究生导师4名，硕士研究生导师337名。享受国务院政府特殊津贴专家17人，国家百千万人才工程人选1人，国家有突出贡献青年专家1人，国家非物质遗产代表性传承人1人；内蒙古自治区突出贡献专家12人，内蒙古自治区杰出人才2人，内蒙古青年创新创业人才4人，内蒙古自治区“新世纪321人才工程”34人，“草原英才”个人20人，“草原英才”工程创新创业人才团队10个；享受包头市政府特殊津贴专家1人，包头市拔尖人才 6人，包头市“鹿城英才”工程创新创业人才17人，包头市“鹿城英才”工程创新创业团队1个，包头市“5512工程”领军人才26人，包头市“5512工程”创新团队8个；内蒙古自治区111人才工程人选1人。内蒙古自治区高等学校教学名师奖获得者12人、教坛新秀奖获得者10人，内蒙古自治区级教学团队12个。
学校积极开展国际交流与合作，先后与韩国极东大学、澳大利亚拉筹伯大学、英国皇家英格兰外科学院、蒙古国国立医科大学、俄罗斯普里沃尔茨基研究型医科大学、俄罗斯下诺夫哥罗德医学院、奥地利格拉茨大学中草药联合研究中心、美国Gilson公司等国外高校和科研机构建立交流合作关系。
学校全体师生员工秉承“团结、敬业、求实、创新”的校训，弘扬“艰苦奋斗、自强不息、勤俭奉献”的精神，正在为把学校建设成为在国内有一定影响、在少数民族边疆地区处于先进水平、办学特色鲜明的高等医学院校而努力奋斗！