巢湖学院前身是1977年秋创建的安徽师范大学巢湖专科班；1983年2月经国务院批准，正式设立巢湖师范专科学校；2002年4月经教育部批准，升格为本科院校，并更为现名；2013年6月，顺利通过教育部本科教学合格评估。
学校以“立德树人”为根本任务，秉持“德学并举，知行合一”的校训，倡导“文明和谐、自强不息”的校风，努力把学校建成地方应用型高水平大学。
第一章 总则
第一条为明确学校法律地位，保障举办者、学校、教职员工、学生的合法权益，维护办学自主权，建立完善现代大学制度，依据《中华人民共和国教育法》、《中华人民共和国高等教育法》、《高等学校章程制定暂行办法》等有关法律法规，结合学校实际，制定本章程。
第二条本章程是学校依法自主办学，完善内部治理结构，制定内部管理制度与规范性文件，实施内部管理，履行办学基本职能和开展社会交流合作的基本准则和依据。
第三条 学校坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系为指导，坚持社会主义办学方向，遵循宪法确定的基本原则和有关法律法规，遵循高等教育办学规律与人才培养规律，贯彻落实党和国家的教育方针与政策，促进依法治校，促进改革创新，促进科学发展。
第四条 学校坚持以立德树人为根本任务，以培养高素质应用型人才为首要目标，以教育教学为中心工作，以深化教育教学综合改革为重要抓手，不断更新教育思想观念，加强内涵建设，提高人才培养质量和办学水平。
第五条 学校立足于地方性、应用型办学定位，坚持以文理为基础，应用性学科专业为重点，文理渗透，理工结合，强化应用，多学科协调发展；坚持培养专业基础实、应用能力强、综合素质高，具有自立自强意识和开拓创新精神，适应地方经济社会发展需要的应用型人才，把学校建设成为地方应用型高水平大学。
第六条 学校以全日制普通本科教育为主，稳步推进继续教育，积极拓展留学生教育和中外合作教育，适时发展专业学位研究生教育。
第七条 学校学科专业隶属于经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学等学科门类。学校坚持以区域经济社会发展为导向，以“社会需求、注重集群、突出特色、科学规划”为原则，按照“专家论证”、“学术委员会审议”、“审批备案”的程序，适时调整学科专业，优化学科专业结构。
第八条 学校注重特色发展，依托区位优势，把区域优秀文化资源转化为教育资源，发挥区域文化元素育人功能；加强应用性学科建设，构建适应区域经济社会发展的特色专业群，支持、服务地方经济社会发展。