历史沿革：河套学院的前身是1985年创建的河套大学，由自治区人民政府批准成立并经教育部备案。著名经济学教授陈良壁先生为首任校长。学校的创建得到了党和国家领导人的亲切关怀，1986年时任国家副主席乌兰夫同志为学校题写校名。1996年全国人大常委会副委员长程思远同志莅临学校考察指导工作。学校初创时期举步维艰，财力匮乏、校舍简陋、师资不足。在创建过程中得到了各级政府、社会各界人士和巴彦淖尔人民的大力支持和资助。
进入新世纪学校经历了两次教育资源优化整合。2001年原巴彦淖尔盟教育学院、巴彦淖尔盟师范学校（前身为1943年傅作义将军创办的绥远省立陕坝师范学校）并入河套大学。2004年原内蒙古广播电视大学巴彦淖尔盟分校、巴彦淖尔盟财贸职工中等专业学校、巴彦淖尔盟卫生学校、巴彦淖尔盟农牧业中等专业学校、内蒙古临河水利学校并入河套大学。
2012年河套大学经教育部批准升格为普通本科院校，更名为河套学院，实行内蒙古自治区和巴彦淖尔市两级管理体制，以自治区管理为主。升本的同时，巴彦淖尔市委、政府提出举全市之力办好河套学院，在财力十分困难的情况下，投资10.28亿元在黄河之滨建设新校区（双河校区），2018年底建成并投入使用，办学条件发生根本性变化，学院进入新的发展阶段。2016年学院获得学士学位授予权，同年被自治区人民政府批准为整体转型试点院校。2019年8月21日自治区主席布小林同志亲临学院指导工作。
学校的成立、发展和壮大，始终沐浴着党的民族政策的光辉，伴随着改革开放的步伐。学校所走过的每一步都是历代河套学院人不畏艰辛、艰苦奋斗、顽强拼搏的结果，体现了党领导的力量、群众支持的力量和人民信任的力量。
办学条件：学院占地面积1047.98亩，建筑面积43.84万平方米，教学科研仪器设备总值11247.12万元。馆藏纸质图书97.52万册，电子图书40.16万册，中外文数据库29个。
办学规模：学院设有13个教学系部及继续教育学院。全日制在校生10546人，其中本科生 6692人，占学生总数的63.46%；少数民族学生2178人，占学生总数的20.65%，其中蒙古族学生1854人，占学生总数的17.58%。
教师队伍：学院现有教职工1122人。专任教师569人，其中正高职务32人、副高职务158人，高级职务教师占专任教师的33.39%；博士学位教师26人、硕士学位教师 333人，硕士及以上学位教师占专任教师的63.09%；双师型教师125人，占专任教师的21.97%。自治区级教学团队10个、教学名师12人、教坛新秀8人。
教学建设：学院设有32个本科专业，分布在文学、理学、农学、工学、教育学、管理学、经济学、艺术学、医学等9个学科门类。现有自治区级品牌专业13个、产教融合共建专业8个，培育院级一流专业4个。自治区级精品课程21门，立项在线开放课程10门；院级精品课程63门，立项在线开放课程61门。获批国家级教学研究课题3项；获批自治区级实验教学示范中心2个、教学成果奖5项、教学研究课题71项；立项院级教学研究课题217项，发表教学研究论文767篇。近三年学生获国家级奖励31项，自治区级奖励348项。
科学研究：学院建立自治区级科研平台7个，包括院士工作站1个、重点实验室2个、工程技术研究中心2个、人文社科重点研究基地1个、创新培育团队1个。院级科研平台20个；博士工作站5个。现有院级重点学科6个，重点培育学科2个。学院院士工作站协助申报的“乌梁素海流域山水林田湖草沙生态保护修复”试点工程项目获批国家第三批“山水林田湖草生态保护修复工程”试点项目，获得资助资金56.78亿元。
升本以来，教师承担科学研究课题552项，其中国家级12项，省部级199项。公开发表论文1432篇；获批软件著作权和专利42项，出版专著123部；市级及以上科研获奖9项；登记“向日葵育苗移栽”“加工番茄源库调控”“腐植酸研发与推广”国家成果库成果3项；选育出河糯101作物新品种。主办蒙古文、汉文内部刊物《河套学院论坛》。
文化传承：在河套文化的研究与传承方面，学院教师获批河套文化研究立项42项，撰写专著3部，发表论文68 篇。在乌拉特文化的研究与传承方面，建有乌拉特文化研究中心、乌拉特蒙古族传统手工艺室等5个研究基地，获批部级及以上研究课题3项，出版专著10部，其中《乌拉特英雄史诗研究》获自治区政府社科类作品三等奖，群舞《乌拉特的祝福》获第四届全国大学生艺术展演自治区甲组一等奖、全国一等奖。
开放办学：学院坚持多层面开放办学之路。与北京师范大学、厦门大学、宁夏大学、大连外国语大学、波兰热舒夫信息技术与管理大学等国内外高校和自治区15所院校开展校际合作。与北京东方智业文化发展责任有限公司、北京易第优教育咨询有限公司、达内时代科技集团有限公司、凤凰卫视集团凤凰数字媒体教育集团等开展校企合作。主动融入“一带一路”建设，与蒙古国开展教育合作交流。
社会服务：学院以服务地方经济建设和社会发展为己任，深入推进校政企合作，主动融入地区经济社会发展战略，构建具有地方特色和满足当地需求的人才培养体系。优先重点发展民族教育，着力培养“蒙汉兼通”的高素质应用型人才。依托翻译研究中心，为巴彦淖尔市政府、企事业单位及“国际岩画学术研讨会”“中国-南非岩刻研讨会”等开展口译笔译工作，助推阴山岩刻世界文化遗产预备项目申报和河套灌区世界文化遗产申报成功，促进对外文化交流。依托科技研发项目，坚持协同创新，服务地方农业、畜牧业发展，多角度参与“天赋河套”区域公用品牌建设。依托“扶智扶志”的科技培训、技术指导，助力农牧区脱贫攻坚，建立智慧农业示范点，建成农业科技示范园区、乌拉特中旗德岭山万亩花生产业园、四义堂“智慧四控”高效农业示范园，构建“政府+学院+科技平台+合作社+农户”的科技精准扶贫模式，在乌拉特中旗石哈河镇推广两色地膜、薄厚分区滴灌带技术，推广优质肉用种羊胚胎移植扩繁及杂交应用技术，不断探索山旱区脱贫致富的发展路径。
学院虽地处西部经济欠发达边疆少数民族地区，优质共享资源少、高层次人才匮乏、办学经费紧张，但全院教职工始终秉承“艰苦奋斗、自强不息、奋发有为、报国荣校”的办学传统，践行“仰望星空、脚踏实地”的校训，团结一致，凝心聚力，积极推进改革创新，强化内涵式发展，努力建设特色鲜明的高质量应用型本科院校，不断开创学院各项事业发展的新局面。