学院前身内蒙古工业学校，创建于1952年9月，原名扎兰屯工业学校。1953年7月经内蒙古自治区政府工业部批准更名为“内蒙古工业学校 ”，1956年8月由扎兰屯迁到呼和浩特现址至今，是新中国成立后内蒙古自治区成立的第一所工科类中等专业学校。2003年5月经自治区人民政府批准，独立升格为高等职业技术学院，更名为内蒙古机电职业技术学院，隶属于自治区教育厅。2006年根据自治区党委、政府的统一要求，将成立于1956年的原内蒙古水利学校整体并入内蒙古机电职业技术学院，使学院的办学空间和专业领域进一步拓展，办学实力明显增强。建校56年来，共培养出27000多名毕业生。
学院现有在校生9963人，学生来源于全国7个省、市、自治区。设有机电工程系、电气工程系、冶金与材料工程系、水利与土木建筑工程系、信息与管理工程系、公共管理系等7个教学系部。学院根据自治区产业结构调整升级和发展绿色循环经济对人才的新需求，加强专业和专业群建设，依托传统优势专业，增设新专业，形成能源、冶金、制造、水利等4个专业群，开设机电一体化技术、数控技术、电气自动化技术、材料工程技术、电厂热能与动力装置、建筑工程技术、水利水电建筑工程等33个专业。初步建立起以机械制造、机电、自动控制、冶金材料、水利工程为主，以信息、管理为辅的专业结构体系。学院是教育部、国防科工委、中国机械工业联合会开展数控技术应用专业领域技能型紧缺人才培养培训基地。