上海海洋大学前身，可以追溯到1912年成立的江苏省立水产学校。1904年，为抵御侵渔、维护海权，著名实业家、教育家张謇主张“渔权即海权”，向清廷倡议创办水产学校。后经黄炎培襄助和首任校长张镠竭力筹措，于1912年正式创办，系我国最早的水产学校之一。
1927年，学校更名为第四中山大学农学院水产学校，1928年更名为国立中央大学农学院水产学校，1929年恢复江苏省立水产学校校名。1937年因八一三淞沪抗战，校舍毁于战火，辗转四川合川艰难维续水产教育。1938年先于国立第二中学成立水产部，后于1943年成立国立四川水产职业学校。1947年在上海复校，定名为上海市立吴淞水产专科学校，1951年更名为上海水产专科学校，1952年组建升格为上海水产学院，成为中国第一所本科建制的高等水产学府。1972年受“文化大革命”影响搬迁到厦门集美办学，更名为厦门水产学院，1979年迁回上海原址恢复上海水产学院，同时保留厦门水产学院。1985年更名为上海水产大学。2008年为适应国家海洋事业发展需要，更名为上海海洋大学。
学校1914年定“勤朴忠实”为校训。在此精神指引下，学校沐风栉雨、艰苦奋斗，从创业之初仅仅租房数间、教师数十人、学生数百人，发展到今天历史底蕴深厚、学科门类多元、科研实力雄厚，拥有一千多名教师、一万多名本科生、两千多名硕士、博士研究生的海洋高等学府。
抚今追昔，硕果累累，学校为中国水产业培养了数以万计的骨干人才，涌现出张镠、侯朝海、朱元鼎、陈子英、孟庆闻等著名水产教育家和学者，创造了数以百计的国家级和省部级科研成果，发展成为一所以海洋、水产、食品等学科为特色和优势，农、理、工、经、文、管、法等学科协调发展的多科性大学，为我国水产业的发展做出不可磨灭的贡献，被誉为“中国现代水产教育的摇篮”。
2012年，江泽民同志为学校百年校庆题词“发扬优良传统，不断开拓创新，把上海海洋大学建设成为一流的高水平特色大学。”这是历史的嘱托，这是时代的召唤。学校将一如既往地努力把握时代脉搏、发扬校训精神、深化综合改革、提高教学质量、增强科研创新能力，努力推进学校各项事业又好又快发展。让我们同舟共济、奋进不止、继往开来、再创辉煌，努力把上海海洋大学建设成为国内外知名、特色学科优势明显、多学科协调发展、教学科研并重的高水平特色大学！