新疆大学科学技术学院成立于2002年8月，原校址位于乌鲁木齐市新疆大学北校区，是我国本科院校举办的首批独立学院，2012年获学士学位授予权。
为深入贯彻落实第二次中央新疆工作会议的精神，主动适应“一带一路”核心区建设，满足南疆各族群众接受高等教育的迫切需要，促进区域经济协调发展，为实现新疆社会稳定和长治久安总目标提供人才支持。2014年5月，阿克苏地区行署与新疆大学签订合作办学协议，6月，自治区人民政府下发《关于合作建设新疆大学科学技术学院事宜的批复》，7月，新疆大学科学技术学院阿克苏校区立项建设，2015年3月阿克苏校区开工建设，9月首批招生开学。新疆大学科学技术学院阿克苏校区的建成，改变了阿克苏地区无本科院校的历史，完善了教育体系，满足了各族群众接受高等教育的需求，提升了高素质应用型人才培养能力，在阿克苏地区教育发展史上具有里程碑意义。
新疆大学科学技术学院现校址位于阿克苏地区温宿县新城区学府路1号，一期工程由清华大学建筑设计研究院规划设计，校园占地面积2856亩，规划建筑面积68.7万平方米，分三期建设，其中一期占地面积2000亩，建筑面积30万平方米，包括教学楼、学生宿舍、学生食堂、图书馆、文理科实验楼、工程实训中心、风雨操场、田径运动场、教工宿舍、专家住宅楼、校区医院等，地委、行署举全地区之力投入建设资金15亿元，规划在校生8000人。二期规划建筑面积21.7万平方米，远期规划建筑面积17万平方米。远期规划在校生10000人。
学院现有14个内设机构，8个系（部），开设电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、过程装备与控制工程、土木工程、通信工程、物流工程、能源化学工程、食品营养与检验教育、数字媒体技术、软件工程、社会工作、计算机科学与技术、金融学、国际经济与贸易、工商管理、市场营销、信息管理与信息系统、旅游管理、英语、汉语、中国少数民族语言文学、法学、俄语、物流管理24个本科专业，涵盖工学、经济学、管理学、文学、法学五大学科门类，初步形成了以工为主，经管文法兼备的专业布局。
新时代赋予新使命，新使命应有新担当新作为，学院将发扬“柯柯牙精神”，扎根南疆办大学，把知识播撒在南疆大地，让人才汇聚在祖国边疆！