新疆农业大学科学技术学院于2002年7月经自治区教育厅批准成立，2004年通过国家教育部审核，为全国首批确认的124所（其中新疆2所）独立学院之一，是实施本科层次普通高等教育的独立学院。
学院坐落于西山大学城（乌鲁木齐市沙区西山新镇聚安路888号），距离乌鲁木齐市中心25公里，地处亚心腹地。西山校区建设项目于2014年启动，总体规划面积1560亩，总建筑面积48万平方米；一期校园面积447亩，现已建成建筑面积14万平方米；整体建成后可满足15000人办学规模需要，为各族师生的学习、生活、实践创造良好的环境和条件。
学院设有机电工程系、建筑工程系、生物科学系、经济管理系、语言文学系、艺术传媒系等6个专业系部，并设教务管理部、学生工作部、组织人事部、图书阅览中心等12个部门机构。拥有33个突出应用性和实践性的本科专业，涵盖理、工、农、经、管、文、医等8个学科门类。2012年4月学院经自治区学位委员会审核获批学士学位授权单位。聘任专兼职教师732人，其中专任教师202人,兼职教师530人；教授72人，副教授220人；具有博士学位95人，硕士学位389人。
近年来，专任教师主持并参与科研项目66项，其中省部级以上19项、厅局级14项。2013年设立“青年科研启动基金”以来,组织立项23项。申报自治区“教学质量与教学改革工程项目”立项1项。第一作者发表核心论文66篇，其中，SCI、EI收录8篇，SCI、EI双检索2篇。自主研发并在教学、管理、服务等领域推广运用了“课外计算机网络学习平台系统”等9项系统平台。申请软件著作权4项。
2011年学院设立“大学生科技创新基金”以来，累计立项结题143项。其中重点项目41个，资助金额共计28.4万元；学生公开发表论文74篇，其中学生参与完成专利1项，核心刊物发表论文25篇。
学院面向全国23个省市招生，目前在籍学生8379人，在校学生8250人，其中，汉族4240人，少数民族4010人，男生3717人，女生4533人。近五年，学生平均毕业率97.8%，学位授予率96.54%，国家及行业类职业资格证书获得率99.1%；毕业生报考硕士研究生录取率稳定在31.16%（其中多人考取清华大学、上海交通大学、西北农林科技大学等985、211工程大学硕士研究生），学生专业技能竞赛累计荣获自治区级以上奖项940人次。
学院严格贯彻落实国家教育部关于《独立学院设置与管理办法》，坚持教育的公益性原则，推进办学体制改革，探索研究科学有效的社会资金引入方式，扩大优质教育资源，提高办学效益。积极完善办学条件，不断优化独立学院创新教育体系。
根据应用型本科层次定位，围绕人才市场需求，依托农大学科基础和师资优势，以工学和管理学为主要学科发展方向，农学、理学、经济学、文学、医学、艺术等协调发展，文理交融，相互渗透；以机电类专业和土建类专业为优势，以管理科学与工程类专业和经济学类专业为重点，生物科学类专业和语言文学类专业为特色，实现与举办高校（农大）资源共享、专业设置逐步错位发展，与同类院校优势互补。强化职业技能和创业能力培养，着力提高学生社会适应能力和就业竞争力。
建院17年来，学院围绕国家和区域经济社会发展需要，主动适应丝绸之路经济带建设和兵地融合发展趋势，累计毕业学生1.3万余人，各民族毕业生遍布全国各地、各行各业。走进新时代，学院将严格贯彻落实全国教育大会精神，努力建成拥有现代化办学设施、具有鲜明办学特色和较高办学水平、适应国家经济社会发展和现代化城市建设，全国知名、西北一流的综合性、应用技术型独立学院，为自治区人才培养和经济社会建设发展做出新的更大的贡献。